Além das aplicações integradas, e das obtidas na App Store, a sua organização poderá exigir a instalação de outras aplicações. Poderão fornecer-lhe um código de compra pré-pago para a App Store. Se descarregar uma aplicação usando um código de compra, ela pertence-lhe, mesmo que tenha sido adquirida por si pela sua organização.

A sua organização poderá igualmente adquirir licenças para aplicações da App Store, que lhe são atribuídas durante um determinado período de tempo, mas que permanecem na posse da organização. Receberá um convite para participar no programa da sua organização para o efeito de aceder a essas aplicações. Depois de efectuar o registo com a sua conta do iTunes, ser-lhe-á pedido que instale as aplicações quando lhe forem atribuídas. Também poderá encontrá-las na lista Compradas na App Store. Uma aplicação recebida desta forma é removida se for atribuída a outra pessoa pela organização.

A sua organização pode também desenvolver aplicações personalizadas que não estão na App Store. Poderá instalá-las a partir de uma página web ou, caso a sua organização utilize a gestão de dispositivos móveis, receberá uma notificação para as instalar sem fios. Estas aplicações são propriedade da sua organização e podem ser removidas ou deixar de funcionar se apagar um perfil de configuração ou dissociar o iPhone do servidor de gestão de dispositivos móveis.