iPhone นอกเหนือจากแอปฯ ในตัว และแอปฯ ที่คุณได้มาจาก App Store องค์กรของคุณอาจต้องการให้คุณมีแอปฯ อื่นบางตัว องค์กรอาจให้รหัสการแลกใช้ที่ชำระเงินล่วงหน้าสำหรับ App Store กับคุณ เมื่อคุณดาวน์โหลดแอปฯ โดยใช้รหัสการแลกใช้ คุณจะได้เป็นเจ้าของแอปฯ นั้น แม้ว่าองค์กรของคุณจะซื้อมาให้คุณก็ตาม
องค์กรของคุณยังสามารถซื้อใบอนุญาตแอปฯ ใน App Store ที่องค์กรกำหนดให้คุณในระยะเวลาหนึ่งได้ด้วย ยกเว้นใบรับรองที่องค์กรเก็บไว้ คุณจะได้รับเชิญให้เข้าร่วมโปรแกรมขององค์กรของคุณเพื่อเข้าถึงแอปฯ เหล่านี้ หลังจากคุณสมัครด้วยบัญชี iTunes แล้ว คุณจะได้รับแจ้งให้ติดตั้งแอปฯ เหล่านี้ตามที่ได้กำหนดไว้ให้คุณ คุณยังสามารถค้นหาแอปฯ เหล่านั้นได้ในรายการ รายการที่ซื้อแล้ว ของคุณใน App Store แอปฯ ที่คุณได้รับด้วยวิธีนี้จะถูกลบออกหากองค์กรกำหนดไว้ให้กับบุคคลอื่น
องค์กรของคุณยังอาจพัฒนาแอปฯ แบบกำหนดเองที่ไม่ได้อยู่ใน App Store ไว้อีกด้วย คุณจะติดตั้งแอปฯ เหล่านั้นได้จากหน้าเว็บ หรือหากองค์กรของคุณใช้การจัดการอุปกรณ์โทรศัพท์เคลื่อนที่ คุณจะได้รับการแจ้งผ่านทางอากาศ ซึ่งขอให้คุณติดตั้งแอปฯ เหล่านั้น แอปฯ เหล่านี้จะเป็นขององค์กรของคุณ และอาจถูกลบออกไปหรือหยุดทำงานหากคุณลบโปรไฟล์การกำหนดค่าหรือแยก iPhone ออกจากเซิร์ฟเวอร์การจัดการอุปกรณ์โทรศัพท์เคลื่อนที่